Universitas Muhammadiyah Kalimantan Timur (UMKT) secara resmi berdiri pada Tanggal 28 Agustus 2017 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 463/KPT/I/2017. Berdirinya Universitas Muhammadiyah Kalimantan Timur merupakan hasil dari penggabungan dua perguruan tinggi Muhammadiyah yang ada di Kota Samarinda yaitu STIE Muhammadiyah dan STIKES Muhammadiyah. Penggabungan tersebut disertai dengan dibukanya Program Studi baru yang nantinya dapat memenuhi kebutuhan stakeholder.

Universitas hasil konsorsium tiga perguruan tinggi ini (STIE Muhammadiyah, STIKES Muhammadiyah, UMS) mempunyai dua kampus induk dengan luas area 15ha. Kampus 1 UMKT terletak di Komplek Perguruan Tinggi Muhammadiyah, Jl. Ir. H. Juanda No. 15 dan Kampus 2 UMKT terletak di Jl. Pelita Komplek Pesona Mahakam. Penyelenggaraan pendidikan di UMKT ditunjang fasilitas pembelajaran yang sangat memadai, mulai dari ruangan kelas yang representatif, laboratorium yang lengkap, dan perpustakaan berbasis teknologi informasi.